История уголовно-исполнительной системы республики начинается с 1992 года. Приказом Министерства внутренних дел Республики Алтай от 7 мая 1992 года № 78 была организована Служба по исправительным делам и социальной реабилитации. Начальником Службы исправительных дел и социальной реабилитации был назначен подполковник внутренней службы Попов Олег Михайлович.
Одними из первых сотрудников, участвовавших в организации и дальнейшем развитии Службы исправительных дел и социальной реабилитации в Республике Алтай, были:
Основные задачи, которые стояли перед руководством Службы исправительных дел и социальной реабилитации в период становления, касались следующих моментов:
подбор и комплектование личного состава;
создание собственной материально-технической базы;
стабилизация оперативно-служебной и производственно-технической деятельности подведомственных подразделений.
В 1996 году Служба исправительных дел и социальной реабилитации была реорганизована в Отдел исполнения наказаний МВД Республики Алтай. Главной и определяющей задачей работы Отдела являлось осуществление контроля над деятельностью подведомственных учреждений, исполняющих наказание.
В 1998 году уголовно-исполнительная система из Министерства внутренних дел передана в Министерство юстиции Российской Федерации.
Важным фактором повышенного внимания уголовно-исполнительной системы к правам человека, стало предоставление права отбывать наказание по месту совершения преступления и по месту проживания. Ранее, эта проблема стояла очень остро, как для осужденных, так и для их родственников. В силу того, что республика не является крупным промышленным центром России, а дотационным субъектом Российской Федерации, социально-экономический уровень развития очень низок. Поэтому отбывание наказания кого-либо из членов семьи налагает соответствующий отпечаток на семейный бюджет и вызывает значительные трудности с доставкой передач на длительные расстояния. Поэтому руководством ОИН Минюста России по Республике Алтай были приняты меры по организации и открытию на территории нашего региона колонии общего режима и колонии - поселения.
В целях совершенствования управления учреждениями уголовно-исполнительной системы, расположенными на территории Республики Алтай, приказом Министерства Юстиции Российской Федерации от 4 января 2003 г. № 1 Отдел исполнения наказаний был реорганизован в Управление.
На основании Указа Президента Российской Федерации от 13 октября 2004 г. №1314, приказа Федеральной службы исполнения наказаний России от 18 января 2005 г. №2 Управление исполнения наказаний Министерства юстиции Российской Федерации по Республике Алтай преобразовано в Управление Федеральной службы исполнения наказаний по Республике Алтай.
В настоящее время в ведении Отдела Федеральной службы исполнения наказаний по Республике Алтай находятся: исправительная колония строгого режима с четырьмя изолированными участками, следственный изолятор, уголовно-исполнительная инспекция с четырьмя межмуниципальными и двумя филиалами, ЦИТОВ.